产品简介
基因变异的研究方法多种多样,相较于常规构建遗传群体进行基因变异研究的方法,全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)因其材料选择范围广泛、较高的分辨率,联合多种分析方法,频频见刊于NC、NG。
GWAS是应用基因组中数以百万计的分子标记进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析。可对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与表型进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。
mGWAS(metabolome Genome-Wide Association Study)即为代谢物的全基因组关联分析,把小分子化合物作为代谢性状或者某些农业生产性状的代表表型。因为代谢物的种类和数量在不同品种与组织中存在很大差异。因此,可以利用二代测序技术获得群体材料的基因型数据(Genotype),结合代谢组数据(metabolome)开展基于代谢物的全基因组关联分析,有利于批量定位调控代谢物的候选基因,挖掘调控产量、品质和环境应答等相关代谢通路,深入了解植物代谢物合成调控的遗传机制。成功搭起“基因组——表型”的桥梁。
方法流程
产品优势
检测平台:利⽤顶级⾼分辨质谱仪和三重四极杆质谱仪,能够同时对上千种代谢物进⾏检测分析;
定性定量准:⾼分辨质谱仪检测到的⾼分辨⼆级谱图结合⾼分辨⼆级谱库能够更精准地鉴定代谢物,⽽三重四极杆MRM技术能够⾼灵敏度、宽⼴的动态范围进⾏定量检测,最终得到精准的定性定量数据;
数据库全面:自建植物物种专属代谢物数据库,数据库物质达到17000+;
物质类别广:全面覆盖苯丙素、黄酮、多酚、生物碱、萜类、香豆素、醌类等多种类型的次生代谢物,以及氨基酸、核苷酸、糖及醇类、维生素类、有机酸类、脂质等初生代谢物,共计17大类;
严格质控体系:仪器稳定性、物质残留、QC样本PCA及相关性等严格质控体系,保证数据质量;
检出物质多:单次检出1000+种代谢物,包括初生物质和次生物质;
售后完善:结题报告全面解读,代谢组文章写作全面辅导。
数据分析结果
QQ图
曼哈顿图
群体结构分析
系统发育树分析
应用方向
1、群体代谢物多样性研究
2、代谢物功能基因定位
3、代谢遗传机制研究
4、构建植物代谢途径
样本要求
植物组织:建议1g/重复,3个生物学重复,2个重复用于上机进行代谢物检测,1个重复备份;
血清/血浆:建议200ul/重复,3个生物学重复,2个重复用于上机进行代谢物检测,1个重复备份;
动物组织:建议200mg/重复,3个生物学重复,2个重复用于上机进行代谢物检测,1个重复备份。
文献案例
1、Serum metabolic profile and metabolome genome-wide association study in chicken.
鸡血清代谢谱及代谢组全基因组关联研究。
2、A metabolic perspective of selection for fruit quality related to apple domestication and improvement.
mGWAS揭示苹果驯化和品质改良的分子机制。
3、Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across wild and cultivated tomato species.
超级泛基因组分析突出了野生和栽培番茄物种的基因组多样性和结构变异。